法律分析：仲裁协议是存在的，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。仲裁庭有权确认合同的效力。如果当事人对仲裁协议的效力有异议的，可以请求仲裁委员会作出决定或者请求作出裁定。一方请求仲裁委员会作出决定，另一方请求作出裁定的，由裁定。你所在公司要求仲裁委员会对你们与商贸公司合同中的仲裁条款效力作出裁定，而商贸公司要求对此作出裁定，在这种情况下，应该由裁定仲裁条款的效力。
法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》 第四十条 原告增加诉讼请求，被告提出反诉，第三人提出与本案有关的诉讼请求，可以合并审理。
《中华人民共和国仲裁法》 第二十条 当事人对仲裁协议的效力有异议的，可以请求仲裁委员会作出决定或者请求人民作出裁定。一方请求仲裁委员会作出决定，另一方请求人民作出裁定的，由人民裁定。当事人对仲裁协议的效力有异议，应当在仲裁庭首次开庭前提出。